4.5. На диске образовался файл гигантского размера, хотя fsck никакой диагностики не выдает.

Образование таких файлов - вполне нормальное явление в BSD, такие файлы являются "дырявыми" и занимают реально, как правило, несколько блоков файловой системы. Посмотрите, что выдаст команда du файл

Избавиться можно, стерев файл (либо поредактировав его, уничтожить пустое место).