Экспозиция музея отражает основные направления исследовательской деятельности Лаборатории исторического краеведения: археология Алтая; этнография Алтая; история горно-заводского производства на территории края.
          I раздел экспозиции посвящен древней истории Алтая и построен по хронологическому принципу: от эпохи камня до средневековья. Каждой эпохе отведен стенд и витрина, где расположены экспонаты, относящиеся к данному периоду. Большая часть экспонируемых материалов - подлинные предметы. Наряду с ними широко используются копии, фотографии, рисунки. Особое место в экспозиции занимает реконструкция позднескифского захоронения женщины с лошадью. Данное захоронение (Машенка-I, VII в. д.н.э.) было вскрыто экспедиционной группой БГПУ в 1993 г. в 2 км к северо-востоку от устья реки Сентелек.

          II раздел экспозиции посвящен этнографии русского населения Алтая в конце XIX - начале XX вв. Экспонаты, разносторонне характеризующие жизнь и быт крестьянства расположены по тематическому принципу: орудия труда и производственный инвентарь, утварь, образцы домовой резьбы и масляной росписи. Особое место в данном разделе экспозиции занимают предметы, относящиеся к городской культуре и торговле в начале XX века.

          III раздел экспозиции посвящен истории горно-заводского производства в бывшем Колывано-Воскресенском (Алтайском) горном округе. Наряду с орудиями труда здесь представлены и образцы горных пород, имеющихся в крае.

          Экспозиция постоянно обновляется вновь поступившими материалами. Ежегодно в октябре - декабре музеем проводятся выставки новых поступлений по итогам археологических и историко-этнографических экспедиций.