Деятельность музея развертывается на основе музейного фонда. Общее количество экспонатов в фондах ИКМ БГПУ превышает 33,5 тысячи. Ежегодно фонды музея пополняются в среднем на 500 экспонтов.
          Фонды ИКМ содержат предметы, отражающие древнюю и средневековую историю Алтая (600 т.л.н. - 2 в.н.э.), культуру и быт населения края XIX - начала XX в., историю горно-заводского производства в бывшем Колывано-Воскресенском (Алтайском) горном округе (XVIII - XIX вв.).
          В постоянной экспозиции представлено около 1000 экспонатов музейного фонда. Основная часть музейного собрания находится в специальных фондохранилищах закрытого типа, где применяется комплексная система хранения.