Комплектование фондов историко-краеведческого музея БГПУ осуществляется в соотвествием с профилем музея. В настоящее время комплектование фондов ведется по следующим основным направлениям:

1. Древняя и средневековая история Алтая 600 тысяч лет назад - XII в.
   
2. Материальная кальтура коренного и некоренного населения Алтая XIX - XX вв.
   
3. Городская культура XX в.
   
4. Культура немцев Алтая XIX - XX вв.
   
5. История горно-заводского производства в Колывано-Воскресенском (Алтайском) горном округе XVIII - XIX вв.

Археологические экспедиции

Историко-этнографические экспедиции

Передача предметов музейного значения частными лицами

       Археологические и историко-этнографические экспедиции организуются ежегодно в рамках проведения полевой практики студентов исторического факультета БГПУ под руководством ученых и преподавателей факультета.