Историко-краеведческий музей БГПУ был открыт в 1993 году как научно-образовательный центр, который является базой для подготовки студентов-историков, оказывает методическую поддержку школьным музеям и ведет культурно-просветительскую работу среди населения Алтайского края и, прежде всего, учащейся молодежи.
          Накопление археологических материалов для будущего музея началось в 1950-1980-е годы, когда экспедиции под руководством А.П.Уманского принимали участие в раскопках памятников каменного века (Улалинка - г.Горно-Алтайск), эпохи бронзы (Кытманово, Нижняя Суетка, Плотинная и др..) и древнетюркского (Грязново, Иня и др.) времени.
          В 1980-1990-е годы археологические работы проводились также М.А.Деминым, А.Н.Телегиным, П.И.Шульгой, В.Б.Бородаевым, С.М.Ситниковым, студентами и аспирантами университета. Среди исследований этих лет следует назвать крупномасштабные раскопки в урочище Карбан Республики Алтай (раннескифская и хуннская эпоха), на Чарыше (скифское время и средневековье), в лесостепных районах Алтайского края (раннежелезное древнетюркское время) и на побережье Гилевского водохранилища (комплекс памятников от палеолита до I тыс. н.э. включительно).
          В результате раскопок получены многочисленные материалы большой исторической и художественной ценности,включая орудия труда и вооружение, предметы быта и украшения. Они относятся к различным эпохам и археологическим культурам, были оставлены представителями разных расовых, этнических и языковых сообществ. Особый интерес представляет коллекция произведения искусства, отражающее самобытное творчество первобытных сибирских народов и свидетельствующее о широких контактах древнего населения Алтая с соседними культурами и отдаленными цивилизациями Евразии.

          Собирание этнографических и вещественных исторических материалов в Барнаульском государственном педагогическом университете началось в середине 1970-х гг. А.Д.Сергеевым. Он изучал памятники горно-заводского производства в XVIII - XIX в., Колывано-Кузнецкой оборонительной линии и традиционной крестьянской культуры, на территории Алтайского края, республики Алтай и частично, Новосибирской и Кемеровской областях.

          В 1990-е годы интенсивное этнографическое обследования Алтайского края ведутся под руководством Т.К.Щегловой, а также в рамках комплексных археолого-этнографических экспедиций под руководством М.А.Демина. Систематически изучаются крестьянские поселенческие комплексы, жилые и хозяйственные постройки, одежда, семейный и производственный быт, верования и народное искусство. Главное внимание уделяется культуре славянского и, прежде всего, русского народа, однако фонды музея содержат материалы по истории тюркских и финно-угорских групп, проживающих на территории края. В последние годы вместе с Алтайской краевой национально-культурной автономией российских немцев организуются экспедиции в места компактного и дисперсного проживания немецкого населения. Истории и культуре алтайских немцев посвящен специальный раздел музея.

          Первые постоянные и временные музейные экспозиции в Барнаульском педагогическом университете создавались с 1960-х годов усилиями А.А.Худякова, А.Д.Сергеева, А.П.Уманского. Однако более полно представить имеющиеся материалы удалось только после ввода нового главного корпуса университета (1991 год). Художественное оформление выставочного зала принадлежит художнику и историку Г.Л.Нехведавичусу. Первым директором музея стал выпускник исторического факультета БГПУ Н.И.Юртаев.

          Экспозия музея отражает различные стадии истории человечества от палеолита до средневековья, а также традиционную культуры современных народов Алтайского края. Еще более обширные материалы хранятся в фондах музея. Самостоятельное значение имеют порайонные каталоги крестьянской архитектуры и аудиозаписи устных исторических источников, включающих около 500 часов рассказов непосредственных участников исторических событий XX века.

          Музеем совместно с Лабораторией исторического краеведения и историческим факультетом Барнаульского государственного педагогического университета регулярно проводятся научно-практические конференции и издаются сборники статей по археологии, этнографии и истории Алтая и Сибири. Историки университета поддерживают постоянные контакты с рядом российских и зарубежных научных и учебных заведений. Предметом дальнейшего сотрудничества могут стать совместные экспедиционные археологические и этнографические исследования, научные и студенческие научные конференции и семинары, обмен музейными коллекциями, издание письменных, вещественных и устных источников, а также образовательные технологии в области исторического краеведения.